Thông tư có hiệu lực từ ngày 05/3/2016 và thay thế cho Thông tư số 86/2011/TT-BTC.

Phạm vi điều chỉnh của Thông tư này là quản lý, thanh toán vốn đầu tư của các dự án đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước (bao gồm: vốn đầu tư của ngân sách trung ương cho bộ, ngành trung ương; vốn bổ sung có mục tiêu của ngân sách trung ương cho địa phương; vốn đầu tư trong cân đối ngân sách địa phương); các dự án đầu tư sử dụng nhiều nguồn vốn khác nhau trong đó có sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước, thì phần nguồn vốn ngân sách nhà nước của dự án được thực hiện theo quy định tại Thông tư này.

Thông tư này không áp dụng đối với các dự án đầu tư xây dựng công trình hạ tầng kinh tế xã hội của các huyện nghèo thực hiện Nghị quyết số 30a/2008/NQ-CP, ngày 27/12/2008 của Chính phủ về Chương trình hỗ trợ giảm nghèo nhanh và bền vững đối với 61 huyện nghèo; các dự án đầu tư thuộc ngân sách cấp xã và các dự án do cấp xã làm chủ đầu tư (bao gồm cả xã thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia Xây dựng nông thôn mới); các dự án đầu tư thuộc Kế hoạch bảo vệ và phát triển rừng; phần vốn ngân sách nhà nước tham gia trong các dự án PPP; các dự án đầu tư của cơ quan đại diện Việt Nam tại nước ngoài.

Đối với tạm ứng vốn, Thông tư quy định việc tạm ứng vốn của chủ đầu tư cho nhà thầu hoặc nhà cung cấp cho các công việc cần thiết để triển khai thực hiện hợp đồng hoặc các công việc không thông qua hợp đồng. Mức vốn tạm ứng, thời điểm tạm ứng và việc thu hồi tạm ứng do chủ đầu tư thống nhất với nhà thầu theo đúng quy định và phải được quy định rõ trong hợp đồng.

Việc tạm ứng vốn được thực hiện sau khi hợp đồng có hiệu lực, riêng đối với hợp đồng thi công xây dựng thì phải có cả kế hoạch giải phóng mặt bằng theo đúng thỏa thuận trong hợp đồng.

Về mức vốn tạm ứng tối thiểu, Thông tư nêu rõ đối với hợp đồng tư vấn, nếu hợp đồng có giá trị trên 10 tỷ đồng, mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 15% giá trị hợp đồng; hợp đồng có giá trị đến 10 tỷ đồng, mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 20% giá trị hợp đồng.

Đối với hợp đồng thi công xây dựng: Hợp đồng có giá trị dưới 10 tỷ đồng, mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 20% giá trị hợp đồng; Hợp đồng có giá trị từ 10 tỷ đồng đến 50 tỷ đồng, mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 15% giá trị hợp đồng; Hợp đồng có giá trị trên 50 tỷ đồng, mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 10% giá trị hợp đồng.

Đối với hợp đồng cung cấp thiết bị công nghệ, hợp đồng EC, EP, PC, EPC, hợp đồng chìa khóa trao tay và các loại hợp đồng xây dựng khác: mức vốn tạm ứng tối thiểu bằng 10% giá trị hợp đồng.

Mức vốn tạm ứng tối đa cho các khoản quy định nêu trên không vượt quá 50% giá trị hợp đồng (hoặc dự toán được duyệt đối với các công việc được thực hiện không thông qua hợp đồng). Trường hợp đặc biệt cần tạm ứng với mức cao hơn phải được người quyết định đầu tư cho phép, đối với trường hợp người quyết định đầu tư là Thủ tướng Chính phủ, việc quyết định mức tạm ứng cao hơn do Bộ trưởng, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định.

Vốn tạm ứng được thu hồi qua các lần thanh toán khối lượng hoàn thành của hợp đồng, mức thu hồi từng lần do chủ đầu tư thống nhất với nhà thầu và quy định cụ thể trong hợp đồng và đảm bảo thu hồi hết khi giá trị thanh toán khối lượng hoàn thành đạt 80% giá trị hợp đồng.

Theo Thông tư, đối với các công việc được thực hiện thông qua hợp đồng xây dựng nguyên tắc thanh toán là việc thanh toán hợp đồng phải phù hợp với loại hợp đồng, giá hợp đồng và các điều kiện trong hợp đồng. Số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán, thời hạn thanh toán, hồ sơ thanh toán và điều kiện thanh toán phải được quy định rõ trong hợp đồng. Chủ đầu tư có trách nhiệm tuân thủ các điều kiện áp dụng các loại giá hợp đồng theo quy định hiện hành của nhà nước.

Đối với hợp đồng trọn gói, cần thanh toán theo tỷ lệ phần trăm giá hợp đồng hoặc giá công trình, hạng mục công trình, khối lượng công việc tương ứng với các giai đoạn thanh toán mà các bên đã thỏa thuận trong hợp đồng, khi thanh toán không yêu cầu có xác nhận khối lượng hoàn thành chi tiết.

Với các hợp đồng theo đơn giá cố định, thanh toán trên cơ sở khối lượng thực tế hoàn thành (kể cả khối lượng tăng hoặc giảm được phê duyệt theo thẩm quyền, nếu có) được nghiệm thu của từng lần thanh toán và đơn giá trong hợp đồng.

Với các hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh thì thanh toán trên cơ sở khối lượng thực tế hoàn thành (kể cả khối lượng tăng hoặc giảm, nếu có) được nghiệm thu của từng lần thanh toán và đơn giá trong hợp đồng hoặc đơn giá đã điều chỉnh theo đúng các thỏa thuận trong hợp đồng.

Trường hợp các công việc của dự án được thực hiện không thông qua hợp đồng xây dựng (như một số công việc quản lý dự án do chủ đầu tư trực tiếp thực hiện, công việc tư vấn được phép tự làm,...), việc thanh toán trên căn cứ: Bảng kê giá trị khối lượng công việc hoàn thành (có chữ ký và đóng dấu của chủ đầu tư), chủ đầu tư không phải gửi chứng từ chi, hóa đơn mua sắm đến Kho bạc Nhà nước, chủ đầu tư chịu trách nhiệm về tính chính xác, hợp pháp của khối lượng và giá trị đề nghị thanh toán theo dự toán được duyệt phù hợp với tính chất từng loại công việc./.