Cụ thể 20 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông vận tải gồm: 1- Viện Khoa học và Công nghệ Giao thông vận tải; 2- Học viện Hàng không Việt Nam; 3- Trường Đại học Hàng hải Việt Nam; 4- Trường Đại học Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh; 5- Trường Đại học Công nghệ Giao thông vận tải; 6- Ban Quản lý dự án đường Hồ Chí Minh; 7- Ban Quản lý dự án Thăng Long; 8- Ban Quản lý dự án 2; 9- Ban Quản lý dự án 6; 10- Ban Quản lý dự án 7; 11- Ban Quản lý dự án 85; 12- Ban Quản lý dự án Hàng hải; 13- Ban Quản lý dự án Đường sắt; 14- Ban Quản lý các dự án Đường thủy; 15- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương I; 16- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương II; 17- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương III; 18- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương IV; 19- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương V; 20- Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương VI.

Trước đó, ngày 10/02/2017, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 12/2017/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Giao thông vận tải. Theo đó, về cơ cấu tổ chức, Bộ Giao thông vận tải gồm 30 đơn vị sau: Vụ Kế hoạch - Đầu tư; Vụ Tài chính; Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông; Vụ An toàn giao thông; Vụ Pháp chế; Vụ Vận tải; Vụ Khoa học - Công nghệ; Vụ Môi trường; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Quản lý doanh nghiệp; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Đối tác công - tư; Thanh tra; Văn phòng; Tổng cục Đường bộ Việt Nam; Cục Hàng hải Việt Nam; Cục Hàng không Việt Nam; Cục Đường sắt Việt Nam; Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cục Đăng kiểm Việt Nam; Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông; Cục Y tế giao thông vận tải; Trung tâm Công nghệ thông tin; Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải; Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải; Báo Giao thông; Tạp chí Giao thông vận tải./.