Thông tư quy định việc miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho một số loại thu nhập, gồm:

- Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ theo quy định của pháp luật về khoa học và công nghệ được miễn thuế trong thời gian thực hiện hợp đồng nhưng tối đa không quá 3 năm kể từ ngày bắt đầu có doanh thu từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Các hợp đồng này phải đảm bảo có chứng nhận đăng ký hoạt động nghiên cứu khoa học và được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học có thẩm quyền xác nhận là hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ.

- Thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng ở Việt Nam theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của Bộ Khoa học và Công nghệ được miễn thuế tối đa không quá 5 năm kể từ ngày có doanh thu từ bán sản phẩm. Doanh nghiệp phải đảm bảo đó là công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam, được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học có thẩm quyền xác nhận.

Bên cạnh đó, sẽ miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi).

Đối với dự án đầu tư được cấp phép đầu tư mà trong hồ sơ đăng ký đầu tư lần đầu gửi cơ quan cấp phép đầu tư đã đăng ký số vốn đầu tư, phân kỳ đầu tư kèm tiến độ thực hiện đầu tư, trường hợp các giai đoạn tiếp theo thực tế có thực hiện được coi là dự án thành phần của dự án đầu tư đã được cấp phép lần đầu nếu thực hiện theo tiến độ (trừ trường hợp bất khả kháng, khó khăn do nguyên nhân khách quan trong khâu giải phóng mặt bằng, giải quyết thủ tục hành chính của cơ quan nhà nước, do thiên tai, hỏa hoạn hoặc khó khăn, bất khả kháng khác), thì các dự án thành phần của dự án đầu tư lần đầu được hưởng ưu đãi thuế cho thời gian còn lại của dự án đầu tư lần đầu tính từ thời điểm dự án thành phần có thu nhập được hưởng ưu đãi.

Đối với dự án đầu tư của doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế mà giai đoạn 2009-2013 có đầu tư bổ sung máy móc, thiết bị thường xuyên trong quá trình sản xuất, kinh doanh không thuộc dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng thì phần thu nhập tăng thêm do việc đầu tư bổ sung máy móc, thiết bị thường xuyên này cũng được hưởng ưu đãi thuế theo mức mà dự án đang áp dụng cho thời gian còn lại tính từ kỳ tính thuế năm 2014.

Trong trường hợp doanh nghiệp còn thời gian hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu nhưng bị ngừng ưu đãi thuế do thực hiện cam kết với Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO) đối với hoạt động dệt, may từ 11/01/2007 và hoạt động khác từ 01/01/2012, thì được lựa chọn kết hợp không đồng thời, không đồng bộ ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại kể từ năm 2007 đối với hoạt động dệt, may hoặc kể từ năm 2012 đối với hoạt động khác, tương ứng với các điều kiện ưu đãi thuế mà thực tế doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO./.