Cụ thể, Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan rà soát các mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu hiện đang phải thực hiện cùng lúc nhiều thủ tục, cấp nhiều chứng từ kiểm tra chuyên ngành để thống nhất đề xuất phương án đổi mới kiểm tra chuyên ngành phù hợp theo hướng giảm các loại giấy tờ, chứng nhận kiểm tra chuyên ngành nhưng vẫn bảo đảm kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ, đầy đủ các chỉ tiêu, yêu cầu cần thiết về chất lượng, an toàn thực phẩm, kiểm dịch, môi trường...; báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong quý I/2017.

Có thể thấy, những bất cập trong kiểm tra hàng hóa xuất nhập khẩu trong quy định về kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất nhập khẩu gây khó khăn về thủ tục giấy tờ, kéo dài thời gian thông quan và trở thành gánh nặng chi phí cho doanh nghiệp.

Hiện trạng trên đã được doanh nghiệp “kêu” rất nhiều trong các cuộc họp với Chính phủ và cơ quan quản lý nhà nước. Ngay cả Tổng cục Hải quan, cơ quan trực tiếp thực hiện việc thanh, kiểm tra cũng nhiều lần lên tiếng về những bất cập trong kiểm tra hàng hóa xuất nhập khẩu.

Mới đây, Tổng cục Hải quan đã phải có văn bản kiến nghị Bộ Y tế sớm tháo gỡ những vướng mắc trong thực hiện Thông tư 40/2016/TT-BYT do Thông tư này chỉ quy định về danh mục thực phẩm, không quy định về chính sách quản lý nên khó khăn trong việc xác định mặt hàng có phải công bố hợp quy hoặc công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm, kiểm tra an toàn thực phẩm.

Theo Tổng cục Hải quan, Thông tư 40/2016/TT-BYT ban hành Danh mục thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm và dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm theo mã số HS thuộc diện quản lý chuyên ngành của Bộ Y tế căn cứ Nghị định 187/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại, không căn cứ Nghị định 38/2012/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật An toàn thực phẩm.
Nhưng theo quy định tại Nghị định 38/2012/NĐ-CP thì hàng hóa là thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm và dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm phải công bố hợp quy hoặc công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm; kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm đối với thực phẩm xuất khẩu, nhập khẩu./.