Hiện nay, việc khai thác và cung cấp nước sạch tại các vùng núi cao và một số vùng ở miền Trung, Tây Nguyên, Nam Bộ đang gặp nhiều khó khăn do nguồn nước khan hiếm làm ảnh hưởng đến đời sống sinh hoạt của người dân, tăng khoảng cách vùng, miền, ảnh hưởng đến phát triển kinh tế - xã hội và an ninh quốc phòng của địa phương.

Do đó, Chương trình trên được thực hiện tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước trên địa bàn 44 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, dự kiến số vùng được điều tra, đánh giá là 1.333 vùng (số vùng được xác định cụ thể trên cơ sở đánh giá kết quả các đề tài, dự án điều tra đã thực hiện và nhu cầu thực tế do địa phương đề xuất) gồm:

Khu vực Bắc Bộ (16 tỉnh): Cao Bằng, Bắc Kạn, Thái Nguyên, Bắc Giang, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Phú Thọ, Tuyên Quang, Hà Giang, Ninh Bình, Hòa Bình, Lào Cai, Yên Bái, Lai Châu, Điện Biên, Sơn La.

Khu vực Bắc Trung Bộ (4 tỉnh): Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị.

Khu vực Nam Trung Bộ và Tây Nguyên (12 tỉnh, thành phố): Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Kon Tum, Gia Lai, Đắk Lắk, Đắk Nông.

Khu vực Nam Bộ (12 tỉnh): An Giang, Bạc Liêu, Bến Tre, Cà Mau, Đồng Tháp, Kiên Giang, Long An, Sóc Trăng, Tây Ninh, Trà Vinh, Vĩnh Long, Bình Phước.

Chương trình kéo dài từ năm 2015 đến năm 2020 với 3 dự án thành phần: Điều tra, tìm kiếm nguồn nước dưới đất tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; Nghiên cứu ứng dụng công nghệ xử lý và cấp nước sạch thích ứng với điều kiện vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; Xây dựng thí điểm hệ thống cấp nước tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước đặc trưng.